L'idée d'écrire un opéra sur le célèbre roman Eugène Onéguine (1833) d'Alexandre Pouchkine serait venue en mai 1877, soumise à Tchaikovski par la contralto Ielisaveta Lavrovskaïa. Le compositeur écrit en une nuit un scénario de l'opéra et le confie au librettiste Constantin Shilovsky. Le livret respecte le style de Pouchkine (certains vers sont même cités dans l'opéra) sans pour autant suivre scrupuleusement la trame d'origine : seuls certains passages du roman sont retenus, d'où l'appellation « scènes lyriques ». Composé entre juillet 1877 et janvier 1878, l'opéra est contemporain de la Quatrième symphonie. Eugène Onéguine, ou Yevgeny Onegin, est le cinquième des onze opéras de Tchaïkovski, à une période compositionnelle particulièrement féconde. Celle-ci peut s'expliquer par l'indépendance financière que le compositeur a acquise grâce à la pension mensuelle que lui verse Nadejda von Meck, une riche aristocrate qui devient sa mécène dès 1877.

La création a lieu au Petit Théâtre du Collège Impérial de Musique et est exécutée par les élèves du Conservatoire de Moscou le 29 mars 1879, Tchaïkovski ayant voulu représenter cet opéra de la façon la plus simple possible. Plusieurs représentations suivirent suite au succès de la première et l'opéra connaît à nouveau une consécration au Théâtre du Bolshoï de Moscou le 23 janvier 1881. L'opéra est ensuite donné à Prague en 1888 sous la direction du compositeur, puis à Hambourg en 1892, dirigé par Gustav Mahler en présence de Tchaïkovski. Il fait par la suite l'objet de remaniements pour être donné dans les langues des théâtres étrangers jusqu'à la première moitié du XXe siècle. Aujourd'hui, Eugène Onéguine compte parmi les opéras de Tchaïkovski les plus joués sur les scènes lyriques internationales avec La Dame de pique (1890), qui est également basé sur un roman de Pouchkine.