L’Opéra Allemand de Berlin est fondé en 1911 par une société anonyme par actions, la Société d’Opéra du Grand Berlin. En effet, à l’époque, Charlottenburg n’est pas intégrée à la municipalité berlinoise. La vocation fondatrice du Deutsche Oper est d’apporter une alternative plus démocratique à l’Opéra Royal d’Unter der Linden (actuel Opéra d’Etat). Cette vocation populaire se reflète dans la structure de la salle, dotée d’une jauge importante (2000 places, soit la plus grande salle de ville) et dénuée de loges. La salle est inaugurée en 1912 par une représentation de Fidelio de Beethoven. L’aventure remporte au début un franc succès. Néanmoins, les vicissitudes politiques et économiques des années 20 entament sérieusement cette réussite, au point qu’en 1925 la ville de Berlin, qui a incorporé Charlottenburg cinq ans auparavant, doit racheter la société anonyme fondatrice afin de maintenir l'opéra à flot.

Pour faire face à la crise financière, la nouvelle direction, menée par Bruno Walter et Heinz Tietjen, mettent en place une programmation ambitieuse, qui met en avant des compositeurs comme Kurt Weill ou Ernst Krenek. A la fin des années 20, Carl Ebert devient directeur général. Son mandat est particulièrement fructueux, avec notamment la première mondiale de Die Bürgschaft de Kurt Weill en 1932 et un Bal Masqué (Verdi) fort acclamé dirigé par Fritz Busch la même année. Cette période d’expérimentation est cependant interrompue par l’accession au pouvoir du parti nazi, les soldats attaquant la salle en pleine représentation afin d'en prendre le contrôle. Carl Ebert fuit pour l’Angleterre, où il fonde le Festival de Glyndebourne avec Fritz Busch. Joseph Goebbels prend la direction de la salle, et une « Führerloge » spéciale est installée. Sans surprise, les nazis mettent en avant le répertoire allemand traditionnel. La salle est totalement détruite par les bombardements entre 1943 et 1944.

Dès l’immédiat après-guerre, le Theater des Westens est utilisé comme salle provisoire. Les années 50 voient le retour de Carl Ebert, et sont dominées par des grandes voix telles que Dietrich Fischer-Diskau ou Elisabeth Grümmer. En 1961, la construction de la nouvelle salle sur l’emplacement d’origine est enfin parachevée. Le nouveau bâtiment, construit par Fritz Bornemann marque les esprits par son esthétique minimaliste. L’inauguration de la salle par une représentation de Don Giovanni (Mozart) a lieu peu de temps après la création du Mur de Berlin. Ainsi, la salle qui avait été crée comme une scène alternative devient désormais la principale scène lyrique du Berlin occidental, l’Opéra d’Etat et l’Opéra Comique étant en RDA.

La salle devient donc l’un des plus grands centres lyriques internationaux. En 1965, le jeune Lorin Maazel en devient le directeur musical, dans une période où des légendes telles que Gundula Janowitz, José von Dam, Leonie Rysanek, Anja Silja, Agnes Baltsa ou Evelyn Lear sont des invités réguliers, tout comme des grands chefs tels que Karl Böhm ou Eugen Jochum et des metteurs en scène tels que Wieland Wagner. La décennie suivante est marquée par la direction du chef Gerd Albrecht, et la venue de nouvelles voix de premier plan comme Barbara Hendricks, Siegfried Jerusalem ou Edita Gruberova.

Le metteur en scène Götz Friedrich devient directeur général et artistique en 1981, fonction qu’il conserve jusqu’à son décès en 2000. Les années Götz Friedrich voient la scène devenir un lieu de référence en matière de mises en scène innovantes, à commencer par ses propres réalisations, dont la première de son mandat est De la maison des morts de Janáček, et qui incluent notamment un Ring (Wagner), ainsi que celles de Jean-Pierre Ponnelle ou Günter Krämer. Son mandat est également marqué par des chefs hors pair à la direction musicale, notamment Jesús López Cobos (1981-1990), Giuseppe Sinopoli (1990), Rafael Frühbeck de Burgos (1992-1997) ou Christian Thielemann (1997-2004). Son mandat est aussi celui de la chute du mur, qui rééquilibre la scène lyrique berlinoise.

Le successeur de Friedrich est le compositeur Udo Zimmermann (2001-2003), qui inaugure son mandat avec Intolérance de Luigi Nono et Saint-François d’Assise d’Olivier Messiaen, porté à la scène par Peter Konwitschny, avec des décors de l’architecte Daniel Libeskind. C’est ensuite Kirsten Hams qui assure la direction de la salle, et ce jusqu’en 2011. Elle y réalise de nombreuses mises en scène marquantes, notamment d’œuvres de Wagner et de Strauss, telles que Tannhäuser ou Elektra (couplée avec Cassandra de Vittorio Gnecchi). Elle convie également de nombreux metteurs en scène de premier plan, tels que Robert Carsen (Ariane à Naxos de Stauss, 2009) ou Graham Vick (Tristan et Isolde de Wagner, 2011).

L’actuel directeur est Dietmar Schwarz. Celui-ci prend ses fonctions en 2012, sa saison inaugurale coïncidant avec le centenaire de l’établissement, l’orchestre étant quant à lui dirigé par Donald Runnicles depuis 2009.