Acte I

Le Prince égyptien Tamino est attaqué par un serpent au cours d’un voyage. Terrorisé, il s’évanouit (« Zu Hilfe ! Zu Hilfe ! »). Surgissent alors trois dames d’honneur de la Reine de la Nuit qui le sauvent de la bête. Les trois dames tombent instantanément amoureuses du jeune homme. Alors qu’elles s’apprêtent à aller prévenir la Reine, imaginant que le jeune homme pourrait être à même de la guérir de son désespoir, chacune demande aux deux autres de porter le message, espérant rester seule avec le Prince. Ne parvenant pas à se départager, elles décident de porter le message toutes les trois et laissent Tamino seul et évanoui (« Stirb, Ungeheu'r, durch unsre Macht ! »). Celui-ci se réveille et voit paraître un oiseleur, Papageno, qui rêve, sa flûte de pan à la bouche, de mettre de belles femmes en cage, comme il y met des oiseaux (« Der Vogelfänger bin ich ja »). Se réveillant, Tamino lui demande si c’est lui qui lui a sauvé la vie en tuant le serpent. Terrorisé à l’idée qu’un serpent puisse avoir été dans les parages, Papageno répond tout de même qu’il est bien l’auteur de l’exploit.

Les dames d’honneur reviennent alors et punissent Papageno pour son mensonge. Entre autres choses, elles placent un cadenas d’or sur sa bouche : il ne pourra ainsi plus mentir. Elles expliquent à Tamino que la Reine lui fait donner un portrait de sa fille Pamina. Subjugué par sa beauté, Tamino en tombe amoureux (« Dies Bildnis ist bezaubernd schön »). Les dames d’honneur lui expliquent qu’elle a été enlevée par un être puissant et démoniaque, Sarastro. Leur récit est interrompu par un bruit de tonnerre qui annonce l’arrivée de la Reine. Celle-ci lui décrit sa douleur d’avoir vu sa fille lui être arrachée et lui demande dans un air galvanisant de la libérer (« O zittre nicht, mein lieber Sohn ! »).

Une fois la Reine partie, Papageno qui ne peut plus parler à cause du cadenas d’or, demande son aide à Tamino. Les dames d’honneur apparaissent alors pour lever la punition. Mais il ne devra plus mentir, et il devra servir et accompagner Tamino dans sa quête pour la libération de Pamina. Elles donnent au Prince une flûte enchantée, et à l’oiseleur un carillon magique, qui les protégeront dans les épreuves. Papageno, terrifié à l’idée de croiser la route de Sarastro, accepte tout de même de suivre Tamino. Les dames indiquent enfin que les deux aventuriers seront guidés par trois jeunes garçons, beaux, doux et sages (« Hm, hm, hm, hm, hm ! »).

Au château de Sarastro, son serviteur, Monostatos, cherche à obtenir les faveurs de Pamina, qui le repousse, préférant mourir. Survient Papageno, dont l’apparition effraie Monostatos. Bien que terrorisé également, Papageno fait fuir le serviteur de Sarastro et peut expliquer la situation à Pamina : le Prince Tamino, qui est tombé amoureux d’elle dès qu’il a vu son portrait, va venir la délivrer. Les deux jeunes gens prennent la fuite. De son côté, Tamino fait la rencontre des trois jeunes garçons, qui lui recommandent de rester patient, ferme et discret. Ils le conduisent vers trois temples : celui de la Nature et celui de la Raison lui sont interdits. Lorsqu’il cherche à pénétrer dans celui de la Sagesse, un Grand Prêtre lui indique que Sarastro vit dans ce temple et lui suggère qu’il n’est peut être pas l’être maléfique que lui a décrit la Reine. Le Grand Prêtre lui annonce enfin qu’il comprendra l’énigme lorsque la main de l’amitié le conduira au sanctuaire pour l’alliance éternelle. Des êtres invisibles révèlent alors que Pamina est vivante. Pour les remercier, Tamino entonne un air de flûte. Des bêtes sauvages arrivent alors et se couchent autour de lui (« O wenn ich doch imstande wäre »). La flûte de Pan de Papageno retentit alors en réponse à l’air de Tamino. Celui-ci s’élance à la rencontre de son compagnon.

De leur côté, Pamina et Papageno fuient le palais et Monostatos qui est à leur poursuite. Mais celui-ci finit par les rattraper. Afin de lui échapper, Papageno joue de son carillon magique. Monostatos et les esclaves qui l’accompagnent se mettent à danser, puis disparaissent (« Schnelle Füße, rascher Mut »). Mais à ce moment, Sarastro fait son apparition. Pamina et Papageno décident de lui dire la vérité. Elle explique donc à Sarastro qu’elle a fui Monostatos qui voulait l’obliger à l’aimer. Contre toute attente, Sarastro se montre compréhensif et punit son serviteur qui vient de capture Tamino. Il refuse en revanche de rendre la liberté Pamina : elle ne pourrait être heureuse près de sa mère. Tamino est conduit avec Papageno, les yeux bandés, au Temple des Epreuves (« Es Lebe Sarastro, Sarastro Lebe ! »).

Acte II

Les Grands Prêtres sont réunis autour de Sarastro. Celui-ci annonce qu’Isis et Osiris ont décidé d’unir Tamino et Pamina. C’est eux, accompagnés de Papageno, qui pourront arrêter la Reine de la Nuit, qui rêve de détruire leur temple. Mais ils doivent d’abord traverser des épreuves difficiles. Sarastro prie alors les Dieux pour qu’ils protègent les trois jeunes gens, ou qu’ils les accueillent s’ils périssent dans les épreuves (« O Isis und Osiris, schenket Der Weisheit Geist »).

Les épreuves débutent pour Tamino et Papageno. Le premier accepte rapidement de risquer sa vie pour faire triompher l’amour et la vérité. Le second, en revanche, se montre plus terre-à-terre et réticent devant l’épreuve. Seule la perspective de rencontrer une femme faite pour lui, sa Papagena, le fait changer d’avis. Les deux prêtres qui les accompagnaient les laissent seuls, après leur avoir recommandé de garder le silence et de se méfier des artifices des femmes. Les trois dames d’honneur de la Reine de la Nuit paraissent alors et cherchent à convaincre les deux hommes de les suivre. Tamino tient fermement sa promesse de silence mais Papageno ne peut s’empêcher de parler. Lorsque les prêtres reviennent, ils emmènent un Tamino victorieux et réprimandent la faiblesse de Papageno.

Pendant ce temps, Monostatos rode autour de Pamina qui est endormie, se désespérant de ce que son physique disgracieux de Maure l’empêche d’être aimé. Alors qu’il s’apprête à embrasser Pamina, la Reine de la nuit apparaît, faisant fuir Monostatos (« Alles fühlt der Liebe Freuden »). Elle rappelle à sa fille qu’elle a perdu ses pouvoirs lorsqu’en mourant, le père de la jeune femme a transmis à Sarastro et à ses disciples, les initiés, le Disque Solaire aux sept cercles. Elle donne à sa fille un poignard et lui ordonne dans un chant enflammé d’assassiner Sarastro et de lui rapporter le Disque solaire, sous peine de se voir renier par elle (« Der Hölle Rache kocht in meinem Herzen » ou Air de la Reine de la Nuit). Une fois la Reine partie, Monostatos, qui a tout entendu, cherche à obtenir les faveurs de Pamina par le chantage. Mais Sarastro paraît et le punit une nouvelle fois. Il explique à Pamina qu’il ne compte pas se venger de sa mère, mais que celle-ci paiera tout de même pour son crime.

De leur côté, Tamino et Papageno doivent faire face à une nouvelle épreuve et garder le silence. Papageno s’y refuse. Il rencontre une vieille dame qui lui dit avoir dix-huit ans (bien qu’elle en paraisse quatre-vingt) et être amoureuse de lui. Elle disparaît cependant avant d’avoir pu lui dire son nom. Papageno promet de ne plus dire un mot. Les trois jeunes garçons (beaux, doux et sages) apparaissent et recommande à Tamino de faire preuve de courage et à Papageno de se taire. Pamina paraît alors, heureuse de retrouver Tamino. Mais celui-ci reste silencieux, ce qui lui fait douter de son amour. Elle part désespérée. Tamino est présenté à Sarastro et aux Grands Prêtres, qui rendent hommage aux dieux pour la réussite de ses premières épreuves (« O Isis und Osiris, welche Wonne ! ») et annoncent qu’il reste deux épreuves périlleuses. Pamina est également invitée afin de dire adieu à Tamino (« Soll ich dich, Teurer, nicht mehr seh'n ? »).

Alors que Papageno ère dans un labyrinthe, le Grand Prêtre lui propose de réaliser l’un de ses vœux. L’oiseleur demande un verre de vin. Mais aussitôt le verre englouti, regrette son choix : il voudrait trouver une compagne. Il sort son carillon pour accompagner la formulation de ce nouveau vœu (« Ein Mädchen oder Weibchen »). Paraît alors la vielle femme rencontrée plus tôt. Elle lui propose un choix : soit il lui jure fidélité à jamais, soit il restera dans le labyrinthe toute sa vie, simplement nourrit de pain et d’eau. Après une hésitation, Papageno choisit d’épouser la vieille femme. Mais celle-ci se transforme en adorable jeune femme. A ce moment là, le Grand Prêtre apparaît et sépare les jeunes gens, Papageno ne s’étant pas encore montré digne d’elle.

De son côté, Pamina, désespérée, songe à la mort, le poignard de sa mère dans les mains. Son geste fatal est arrêté par les trois garçons qui lui proposent de lui prouver l’amour que Tamino lui porte (« Bald prangt, den Morgen zu verkünden »). De son côté, Tamino est conduit par les deux prêtres à l’épreuve de l’eau et à celle du feu (« Der, welcher wandert diese Straße voll Beschwerden »). Pamina les rejoint alors afin de subir ces épreuves avec le Prince : lui jouera de la flûte et elle guidera ses pas. Grâce à la flûte, le feu et l’eau s’écartent. Le couple est accueilli par les initiés qui les reconnaissent comme les leurs (« Tamino mein! O welch ein Glück ! »).

De son côté, Papageno recherche en vain Papagena. Il regrette d’avoir parlé durant l’épreuve du silence et pense à la mort. Alors qu’il cherche des échappatoires à son suicide, les trois jeunes garçons, toujours aussi beaux, doux et sages, lui conseillent d’utiliser son carillon magique pour faire venir sa Papagena (« Papagena! Papagena! Papagena! Weibchen! Täubchen ! »). Se retournant, Papageno retrouve alors sa Papagena. Les deux envisagent déjà un avenir radieux, entourés d’enfants (« Pa-pa-pa-pa-pa-pa-Papagena ! »).

A l’entrée du temple, la Reine de la Nuit complote avec ses dames d’honneur et Monostatos pour détruire le temple et les initiés. Mais le ciel s’illumine et ils disparaissent tous les cinq dans ténèbres (« Nur stille, stille, stille »). Sarastro et les prêtres rendent hommage aux nouveaux initiés et remercient les dieux. L’amour et la sagesse ont vaincu les ténèbres (« Die Strahlen der Sonne vertreiben die Nacht »).