Argument
Acte I
Le jeune noble espagnol Belmonte se présente devant le palais du Pacha Sélim. Il a en effet découvert que sa fiancée, Constance, son valet, Pedrillo et la servante de Constance, Blonde, qui ont été enlevés au cours d'une attaque de pirates, ont été vendus comme esclaves au Pacha. Il compte les libérer. Il est cependant surpris par le gardien du palais, Osmin. Belmonte le questionne pour savoir comment il peut retrouver son serviteur, Pedrillo. A ce nom, Osmin, méfiant, et qui voit en Pedrillo un séducteur qui tourne autour de Blonde, son esclave, chasse Belmonte sous un flot d'insulte (« Wer ein Liebchen hat gefunden »). Arrive justement Pedrillo. Osmin lui explique qu'il n'a confiance en aucun étranger et lui détaille les différentes manières qu'il imagine pour le torturer et le tuer, puis s'en va à son tour (« Solche hergelaufne Laffen »). Belmonte, revenant, retrouve son valet et lui explique qu'il vient les délivrer et qu'il possède un bateau près à les ramener en Espagne. Pedrillo rassure son maître sur la santé de Constance et échafaude un plan pour introduire son maître dans le palais : il se fera passer pour un architecte. Belmonte se réjouit à l'idée de retrouver sa fiancée (« Konstanze, Konstanze, dich wiederzusehen »).
Arrive le Pacha, accompagné de Constance, accueilli par un chœur de janissaires, des esclaves militaires turcs (« Singt dem großen Bassa Lieder »). Le Pacha, qui souhaite obtenir les faveurs de Constance, la presse et lui pose un ultimatum : il utilisera la force si elle ne cède pas avant le lendemain. Constance lui révèle son amour pour Belmonte et lui demande du temps puis se retire. Entre Pedrillo, accompagné de Belmonte qu'il parvient à faire accepter par Sélim en qualité d'architecte. Les deux hommes entrent alors dans le palais, malgré la tentative de barrage du gardien Osmin (« Marsch! Trollt euch fort »).
Acte II
Dans le palais, Osmin cherche à obtenir les faveurs de Blonde que le Pacha lui a donnée comme esclave. Celle-ci refuse, vante son indépendance et sa liberté, et promet que toutes les femmes du pays agiront de même si elle est retenue captive plus longtemps. Alors qu'Osmin insiste, incrédule devant cette esclave qui refuse d'obéir, elle le menace de lui arracher les yeux et le chasse (« Ich gehe, doch rate ich dir »). Entre alors Constance, qui confie sa tristesse à sa servante. Blonde lui redonne espoir : Belmonte reviendra les sauver.
Sélim parait et laisse montre son impatience devant le refus de Constance de l'aimer. Celle-ci lui déclare préférer mourir. Il lui rétorque qu'il ne la tuera pas mais la suppliciera. De son côté, Pedrillo retrouve Blonde, son amante, et lui annonce que Belmonte et là et lui explique leur plan d'évasion. Il fera boire un somnifère à Osmin afin de faciliter leur départ. Blonde exulte (« Welche Wonne, welche Lust ») puis va annoncer la nouvelle à sa maîtresse. Pendant ce temps, Pedrillo se donne du courage (« Frisch zum Kampfe ») avant de retrouver Osmin pour exécuter son plan. Il parvient à l'enivrer avec le vin dans lequel il a versé le narcotique (« Vivat Bacchus ! Bacchus lebe »). Les deux couples peuvent alors se retrouver (« Ach Belmonte ! Ach, mein Leben »). Après la joie des retrouvailles, les deux hommes cherchent à se rassurer sur la fidélité de leurs amantes, ce qui indigne les deux femmes. Les deux hommes sont rassurés et les femmes leur pardonnent leur suspicion (« Ach Belmonte! Ach, mein Leben »).
Acte III
A minuit, Pedrillo vient donner le signal du départ en chantant une sérénade, puis Belmonte le rejoint pour enlever Constance et Blonde. Mais Osmin se réveille et les surprend (« Ha, wie will ich triumphieren »). La Pacha, réveillé s'approche. Belmonte lui révèle sa véritable identité, ce qui éveille la colère du Pacha. Belmonte est en effet le fils de son pire ennemi, Lostados. Le sort lui offre la possibilité de se venger. Pendant qu'il part réfléchir à leur supplice, Belmonte et Constance se lamentent sur le sort. Mais lorsque le Pacha revient, il leur annonce qu'il ne souhaite pas agir comme l'aurait fait Lostados qu'il exècre, et décide de leur offrir la liberté. Il souhaite par ailleurs à Constance de ne jamais avoir à regretter d'avoir refusé son cœur. Les quatre prisonniers chantent ses louanges (« Nie Werde Ich Deine Huld Verkennen »). Osmin, qui espérait les torturer et les exécuter, fulmine, alors que le chœur de janissaires reprend également ses chants à la gloire du Pacha.