Acte I

Sur la Place Rouge, à Moscou, la sentinelle Kuzka est allongée et parle dans son sommeil de se rendre à Ivangorod et de s’y marier. Deux autres soldats Streltsy se moquent de lui et se remémorent avec délice les tortures infligées la veille à deux boyards (nobles orthodoxes) qu'ils présentent comme des ennemis du Tsar (« Podoydu, podoydu... Pod Ivangorod »). Ils repèrent alors un Scribe qui vient prendre ses fonctions. Chaklovity, un boyard, s’approche de ce dernier puis, après l’avoir lourdement menacé en cas de trahison, lui dicte une lettre anonyme dénonçant au Tsar un complot ourdit par le Prince Ivan Khovanski, le chef des soldats Streltsy, afin d’installer son fils Andrei sur le trône. Soudain, le Scribe s’arrête apeuré : si le Prince interceptait cette lettre, une mort atroce l’attendrait. Il termine toutefois la lettre, la signant cependant d’un faux nom afin de ne pas être reconnu (« Gusja tocit. Cernilisce-to, gospodi ! »).

Des moscovites se rassemblent devant une inscription placardée sur un pilier. Personne ne sachant lire, ils réquisitionnent le Scribe. Ce dernier leur fait part de l’annonce : les soldats Streltsy affirment avoir cruellement châtié des ennemis du Tsar et menacent de mort toute personne qui critiquerait le régime ou ses soldats (« Zila kuma, Slyla kuma »). Les villageois sont abasourdis par cette annonce et par les châtiments décrits (« Och ty, rodnaja matuska Rus' »).

Ils sont interrompus par l’arrivée du Prince Ivan Khovanski, le chef des soldats Streltsy, surnommé Le cygne blanc, acclamé de toute part (« Aj da ! Veselo ! Aj, znamo, baby ! »). Ce dernier dénonce l’action des boyards qui sèment le désordre : il promet au peuple de le protéger en écrasant ces derniers (« Deti, deti moi ! Moskva i Rus »).

Alors que le peuple se disperse, une jeune femme luthérienne, Emma, est poursuivie par Andrei Khovanski, le fils d’Ivan, qui lui réclame ses faveurs. Cette dernière réclame qu’il lui donne plutôt la mort, lui qui a déjà assassiné ses parents et son frère (« Pustite, pustite ! Ostav'te »). Mais Marfa, l'ancienne amante d'Andrei entrée dans les ordres parmi les Vieux-croyants, prend la jeune femme sous sa protection. Menaçant de dévoiler ses manquements à sa foi, elle contraint le Prince à abandonner sa chasse (« Ja zdes'. Marfa ? »). Ivan reparaît. Trouvant Emma fort à son goût, il demande à ses gardes de s’en saisir, mais Andrei s’y oppose, préférant la tuer que de la laisser emmener par son père (« Cto takoe ? Knjaz' Andrej ? »). Son geste est arrêté par Dossifei, le chef religieux des Vieux-croyants. Ce dernier confie Emma aux bons soins de Marfa et vilipende le père et le fils Khovanski (« Stoj ! Besnovatye ! Pocto besnuetes' ? »).

Acte II

Le soir, dans son palais, le Prince Vasili Golitsyne, le conseiller politique du Tsar, lit les lettres reçues de sa maîtresse et de sa mère (« Svet moj, bratec Vasen'ka »). Un pasteur est alors introduit : celui-ci plaide pour que l’attitude des Khovanski vis-à-vis d’Emma soit punie. Mais Golitsyne refuse d’interférer avec le chef des soldats Streltsy. Il refuse aussi d’autoriser la construction d’un nouveau temple, puis chasse le pasteur (« Ja znaju svjascennyj vas obycaj »). Son valet, Varsonofief, annonce alors l’arrivée de Marfa. Invoquant l’esprit des morts, cette dernière entreprend de lui révéler son avenir : une disgrâce et l’exil l’attendent. Effrayé par ce noir présage, Golitsyne la renvoie et ordonne qu’elle soit assassinée (« K vam, knjaze. Rovno by v zasadu popadaes »). Resté seul, il regrette de ne pas être parvenu à apporter la paix en Russie avant que n’arrive sa disgrâce (« Vot v cem resen'e »).

Entre alors Ivan Khovanski. Les deux hommes se querellent, ce dernier reprochant à Golitsyne de mener une politique visant à lui nuire (« A my bez dokladu, Knjaz', vot kak ! »). Ils sont interrompus par Dossifei, le chef religieux des Vieux-croyants, qui leur reproche de se battre plutôt que de s’allier pour le salut de la Russie. Il révèle avoir abandonné son statut de Prince, qu’il portait autrefois sous le nom de Myshetski. Puis il les enjoint à s’allier à lui afin de renverser le pouvoir. Espérant monter sur le trône, Ivan applaudit l’initiative (« Knjaz'ja, smiri vas gnev »). Marfa surgit alors, accusant Golitsyne d’avoir cherché à l’assassiner. Heureusement, des soldats du Tsar Pierre l’ont sauvée. Les trois autres sursautent en apprenant la présence des soldats du Tsar à proximité. Le boyard Chaklovity entre à cet instant, avec un message de la Régente Sophia, qui a connaissance du complot ourdit par les Khovanski pour détrôner les Tsars. En conséquence, le Tsar Pierre a ordonné leur arrestation (« Knjaze, knjaze ! Ne veli kaznit’ »).

Acte III

Dans le quartier des Streltsy, les Vieux-croyants célèbrent leur victoire sur les soldats du Tsar Pierre (« Posramichom, Prerekochom »). Parmi eux se trouve Marfa qui s’isole et chante son amour pour Andrei Khovanski (« Iscbodila mladesen'ka Vse luga i bolota »). Une autre religieuse, Susanna, s’approche et entend le chant : elle l’accuse dès lors de pensées démoniaques et la menace du bûcher (« Grech ! Tjazkij, neiskupimyj grech »). Dossifei intervient et fait fuir Susanna, voyant le diable dans sa colère démesurée. Se confessant au prêtre, Marfa dévoile une prémonition selon laquelle elle mourra brûlée vive aux côtés du Prince Andrei, entourée de leurs frères. Dossifei la réconforte avec affection (« Pocto mjatesisja ? »).

Chaklovity observe les lieux, plaignant le sort du peuple de Russie : il se promet de le sortir de sa misère (« Spit streleckoe gnezdo »). Il s’échappe lorsque les Streltsy font leur apparition, chantant leur amour du vin. Mais leurs femmes arrivent à leur tour et les réprimandent (« Sobirajtesja, strel'cy ! »). Le Scribe surgit alors et avertit les Streltsy que l’armée du Tsar Pierre a attaqué l’un de leurs quartiers (« Beda, beda... Ach, zlejsaja ! »). Le Scribe profite ensuite de la confusion pour prendre ses jambes à son cou. Les Streltsy se retournent vers leur chef, Ivan Khovanski : devant l’ampleur de la menace, ce dernier décide de refuser le combat et demande à ses soldats de rentrer chez eux, laissant ces derniers désarçonnés (« Zdorovo, detki, Na dobryj cas zdorovo ! »).

Acte IV

Dans la demeure d’Ivan Khovanski, les servantes chantent un air mélancolique (« Vozle recki Na luzocke »). Mais le maître des lieux réclame une chanson plus joyeuse : les servantes s’exécutent (« Pozdno vecerom sidela »). Les chants sont cependant interrompus par le valet de Golitsyne, Varsonofief, qui avertit Khovanski d’un danger imminent. Se croyant invulnérable sur ses terres, ce dernier ordonne que le valet soit battu et que ses esclaves lui interprètent une danse (« Ty zacem ? Osmelilsja vojti ? »). Mais les réjouissances du chef des Streltsy sont de nouveau interrompues, par le boyard Chaklovity, cette fois : ce dernier annonce que la Régente Sophia réclame sa présence pour un Conseil (« Ty zacem ? K tebe, knjaz' »). Tandis que Khovanski se pare de ses plus beaux atours sous les chants à sa gloire, Chaklovity lui assène un coup fatal. Le laissant mort, il moque le chant laudatif des servantes (« Plyvet, Plyvet lebeduska »).

Des villageois observent Golitsyne, condamné à l’exil, se faire emmener par les soldats du Tsar. Parmi eux, Dossifei regrette la défaite de ses deux alliés (« Gljan'-ko ! Vezut, Vezut, kak est' ! »). Marfa le rejoint et lui indique que le Conseil a donné ordre de massacrer les Vieux-croyant. Dossifei invite ses fidèles à trouver refuge dans les flammes (« Otce ! A ? Cto z ? »). Andrei Kovhanski rattrape alors Marfa, s’enquérant d’Emma, la jeune luthérienne qu’il convoitait. Marfa lui apprend l’exil d’Emma et la mort d’Ivan. Andrei tente en vain d’appeler ses Streltsy : en désespoir de cause, il suit Marfa et les Vieux-croyants (« A, ty zdes', zlodejka ! »).

Pendant ce temps, le peuple réclame la condamnation à mort des Streltsy, tandis que ces derniers implorent la pitié de leurs bourreaux (« Ne daj poscady, Kazni okajannvch »). Finalement, un héraut annonce que les Tsars leur accordent la vie sauve (Strel'cy ! Cari i gosudari »).

Acte V

La nuit venue, dans une forêt, Dossifei est entouré des Vieux-croyant, parmi lesquels Marfa et Andrei. Il confie leurs âmes à Dieu (« Skol'ko skorbi, skol'ko terzanij »). L’assemblée se joint à sa prière, prêts à marcher au supplice (« Bratija ! Vnemlite glasu otkrovenija »). Restés seuls, Marfa pleure son amour trahi pour Andrei, tandis que ce dernier se désespère du sort d’Emma. Alors que les trompettes de l’armée du Tsar raisonnent, ils rejoignent finalement leurs compagnons (« Podviglis'. Gospodi »). Marfa allume le bûcher tandis que les Vieux-croyant poursuivent leurs prières. Andrei, lui, ne pense toujours qu’à Emma (« Gospodi slavy, grjadi vo slavu tvoju ! »). Des villageois, s’approchant, prient pour que la Russie trouve enfin la paix (« Och ty, Rodnaja matuska Rus' »).