Partie 1

Le docteur Faust arpente les plaines de Hongrie, admirant la nature renaissante du printemps et se réjouissant de la tranquillité où le plonge sa solitude. Au loin, il entend des paysans chanter (« Ronde des paysans ») et ressent de la jalousie pour leur gaité. Il observe également le défilé d'une armée se préparant au combat, regrettant de ne pas ressentir le frémissement que ressent toute personne à l'écoute d'une marche militaire (« Marche de Rakoczy »).

Partie 2

Faust a fini par être gagné par l'ennui en arpentant la campagne. Dans son cabinet de travail, il cherche les raisons pour lesquelles plus rien n'a de saveur pour lui. Ne trouvant aucune réponse, il pense à finir ses jours, mais est interrompu par des cantiques de Pâques, venant de l'extérieur. Ces chants lui rappellent sa pieuse et heureuse enfance. Il sent sa foi se raffermir et abandonne son projet. Apparaît alors Méphistophélès, qui ironise sur cette foi renaissante et lui fait miroiter des rêves de bonheur.

Faust consent à le suivre. Dans la cave d'Auerbach, des étudiants et des soldats s'enivrent (« Oh! qu'il fait bon, quand le ciel tonne »). Ils poussent l'un des leurs, Brander, à égayer la soirée d'une chanson (« Chanson du Rat »), qu'ils applaudissent d'un « Amen » ironique. Méphistophélès enchaîne à son tour par un chant (« Chanson de la Puce »). Cette scène déplait cependant à Faust qui juge ces plaisirs vils.

Méphistophélès propose alors à Faust de s'étendre sur un lit de roses tout juste écloses, au bord de l'Elbe. Alors que les sylphides bercent Faust de leur chant, celui-ci aperçoit en songe une jeune femme, Marguerite (« Ballet des sylphes »). Lorsque Faust s'éveille, il est conquis par les charmes du démon et lui demande de le mener à Marguerite. Tous deux se joignent au cortège des étudiants et des soldats pour se rendre chez la jeune femme. En chemin, tandis que les soldats chantent leurs conquêtes militaires et amoureuses, les étudiants chantent un Gaudeamus igitur, hymne international des étudiants.

Partie 3

Caché derrière un rideau dans la chambre de Marguerite, Faust l'attend en méditant sur son bonheur retrouvé depuis que l'amour l'a assailli à la vue de la jeune femme. Marguerite entre alors dans sa chambre, troublée par son rêve de la veille, dans lequel elle a vu son futur amant. Elle entonne la Ballade du roi de Thulé, contant l'histoire d'un homme amoureux et fidèle jusqu'au tombeau. Puis elle s'endort. Méphistophélès invoque alors les feux follets puis chante une sérénade (« Devant la maison de celui qui t'adore ») afin de l’envoûter.

A son réveil, Faust est à ses côtés. Les deux amants, étonnés de se trouver face à face après avoir rêvé l'un de l'autre, se chantent leur amour. Mais Méphistophélès fait irruption et presse Faust de fuir : les voisins railleurs, éveillés par les chants, ont alerté la mère de Marguerite qui accoure, de la présence d'un amant dans sa chambre. Faust regrette d'interrompre ce moment où le bonheur, enfin, lui apparaissait, mais fuit avec le démon, qui exulte de voir approcher le moment où Faust lui appartiendra.

Partie 4

Seule dans sa chambre, Marguerite, abandonnée mais amoureuse, guette le retour de Faust, qui n'est plus revenu depuis longtemps. Au loin, les chants des soldats et des étudiants raisonnent, accroissant encore sa nostalgie.

Pendant ce temps, Faust est de retour dans les montagnes, où il a vaincu son ennui. Méphistophélès paraît et lui annonce que Marguerite est en prison, accusée de matricide. Chaque soir en effet, elle administrait à sa mère un philtre fourni par Faust afin de l'endormir pour couvrir leurs rencontres. Elle a continué bien après que Faust ait interrompu ses visites, provoquant la mort de sa mère. Accusé, Méphistophélès remet Faust devant ses responsabilités, puis lui propose un pacte : il sauve Marguerite si Faust accepte de se damner. Le pacte signé, ils partent tout deux au galop sur des chevaux noirs, faisant fuir sur leur passage un chœur récitant une litanie à la Sainte Vierge. Le glas résonne, indiquant qu'il est déjà trop tard pour sauver Marguerite, mais Faust n'interrompt pas sa route, conduit directement par Méphistophélès aux enfers. Alors qu'ils tombent dans un gouffre, Méphistophélès vainqueur, exulte. Un conseil de démon accueille Faust dans un chant aux paroles démoniaques (« Irimiru Karabrao »), tandis qu'un chœur céleste appelle Marguerite à le rejoindre : son âme est sauvée.