Acte I

A Alexandrie en 48 av. J.-C., les Egyptiens accueillent Jules César, Consul de Rome, en vainqueur (« Viva il nostro Alcide »). Pompée, avec qui il forma jadis un triumvirat à Rome, a cherché à l’éliminer. Mais César l’a battu en Grèce et l’a poursuivi dans sa fuite vers l’Egypte (« Presti omai l’egizia terra »). Cornelia et Sextus, la femme et le fils de Pompée, paraissent devant lui, réclamant sa pitié que César est prêt à accorder. Mais Achilla, le ministre de Ptolémée, lui apporte la tête du rival défait pour preuve de l’allégeance du Pharaon. Horrifié, César jure de venger son rival (« Empio, dirò, tu sei »). Repoussant Curio, l’ami de César amoureux d’elle, Cornelia est accablée par la mort de son mari (« Priva son d'ogni conforto »). Sextus est résolu à obtenir vengeance de son père (« Svegliatevi nel core »).

A son frère-époux Ptolémée qui revendique le trône d’Egypte, Cléopâtre conseille de s’occuper plutôt de ses amours adultérines (« Non disperar, chi sa ? »). Achille propose à son maître de tuer César en échange de la main de Cornelia, ce que Ptolémée accepte afin de consolider son pouvoir (« L'empio, sleale, indegno »).

Cléopâtre, déguisée en servante sous le nom de Lydia, approche César, lui demandant justice contre Ptolémée. Aussitôt amoureux, César s’émeut de son sort (« E la tua chioma i con »). César parti, Cléopâtre triomphe (« Tutto può donna vezzosa »). Paraît Cornelia, au désespoir (« Nel tuo seno, amico sasso ») : Sextus lui promet de tuer Ptolémée (« Cara speme, questo core »). Cléopâtre met son confident Nireno à sa disposition pour le guider (« Tu la mia stella sei »).

Alors qu’il est accueilli par Ptolémée au palais, César reste sur ses gardes, prévoyant une traitrise de son hôte (« Va tacito e nascosto »). Ptolémée parvient à faire arrêter Sextus et Cornélia, promettant cette dernière à Achilla, qui tente par le chantage d’obtenir son amour (« Tu sei il cor di questo core »). Sextus et sa mère déplorent leur sort (« Son nata a lagrimar »).

Acte II

Alors que Cléopâtre entend obtenir l’aide de César en le séduisant, Nireno devise sur les dangers de l’amour (« Chi perde un momento »). César , sous le charme, entend le chant de Cléopâtre (« V'adoro, pupille ») : il suit Nireno pour rejoindre sa bien-aimée qu’il pense être la servante Lydia (« Se in fiorito ameno prato »).

Alors que Cornelia se morfond (« Deh, piangete, o mesti lumi »), Achilla (« Se a me non sei crudele ») puis Ptolémée (« Si, spietata, il tuo rigore ») cherchent par la force à obtenir ses faveurs. Nireno propose à Sextus de l’aider à obtenir vengeance : Cornelia s’en réjouit (« Cessa omai di sospirare ») tandis que Sextus se montre déterminé (« L'angue offeso mai riposa »).

Ayant voulu séduire César par intérêt, Cléopâtre est tombée sous son charme (« Venere bella ») : quand Curio avertit le Consul romain du danger qui pèse sur sa tête, Cléopâtre lui dévoile sa véritable identité et lui propose son aide. César s’élance au combat (« Al lampo dell'armi »). La Reine d’Egypte convoque les dieux à son secours (« Se pietà di me non senti »).

De son côté, Ptolémée, dans son sérail, se consacre tout entier au plaisir (« Belle dee di questo core »). Achilla vient lui annoncer la révolte de Cléopâtre et la mort de César : pourtant, Ptolémée lui refuse la main de Cornelia qu’il décide finalement de garder pour lui. Malgré les éléments contraires, Sextus reste résolu à venger son père (« L'aura che spira »).

Acte III

Trahi, Achilla décide de rejoindre les rangs de Cléopâtre (« Dal fulgor di questa spada »). Sur le champ de bataille, Ptolémée est parvenu à vaincre Cléopâtre (« Domerò la tua fierezza »). Cette dernière est au désespoir (« Piangerù la sorte mia »).

Vivant, César est seul et désemparé (« Aure, deh, per pietà »). Il surprend alors Achilla, mortellement blessé en combattant l’armée de Ptolémée, qui offre à Sextus et Nireno un sceau grâce auquel une armée les suivra à l’assaut du palais. César se saisit du sceau et repart au combat (« Quel torrente che cade dal monte »). Sextus peut enfin obtenir sa vengeance (« La giustizia ha già sull'arco ») : il tue Ptolémée, au grand soulagement de Cornelia (« Non ha più che temere »). César rejoint Cléopâtre ravie (« Da tempeste il legno infranto ») et l’installe sur le trône d’Egypte. Alors que le peuple acclame les vainqueurs (« Ritomi omai nel nostro core »), les deux amants se chantent leur amour (« Un bel contento il sen già si prepara »).