Acte I

A la fin du XVIIIème siècle en Allemagne, Lothario passe, trainant sa misère et son malheur d’avoir jadis perdu sa fille Sperata (« Fugitif et tremblant, je vais de porte en porte »). Une troupe, menée par Jarno, paraît, attirant deux comédiens, la jeune Philine et son ami Laërte (« Voici toute la bande »). Alors que Jarno s’apprête à molester Mignon, une jeune femme à l’aspect androgyne qui refuse de suivre ses ordres, Lothario et Philine prennent sa défense, rejoints par Wilhelm Meister, un jeune étudiant en voyage qui tombe sous le charme de Mignon et capte l’attention de Philine (« Quel est, je veux le savoir »). Malgré les avertissements de Laërte, Wilhelm Meister se laisse séduire par Philine (« Eh, quoi ? Mon cher Laërte »). Mais sa conversation est interrompue par Mignon, qui vient le remercier. Elle lui raconte comment elle a été enlevée jadis, sans doute en Italie (« Connais-tu le pays où fleurit l’oranger »). Wilhelm Meister accepte de racheter la liberté de la jeune femme à Jarno. De joie, Mignon invite Lothario à chanter avec elle (« Légères hirondelles, oiseaux bénis de Dieu »). Alors que paraît Frédéric, un admirateur de Philine, Laërte annonce que leur troupe est invitée à jouer au château du Baron de Rosenberg. Philine invite Wilhelm Meister à les suivre. Ce dernier emporte avec lui Mignon, qui ne veut plus le quitter (« Envers qui me délivre »). La troupe se met en route. Une pointe de jalousie se forme chez Mignon devant le jeu de séduction liant Wilhelm Meister à Philine (« En route amis, plions bagage »).

Acte II

Dans le château du Baron de Rosemberg, Philine s’apprête à recevoir ses courtisans, bien que ses pensées n’aillent qu’à Wilhelm Meister (« Alerte, alerte Philine ! »). Justement, ce dernier paraît, flanqué de Mignon qu’il garde comme page. Très vite, Philine et Wilhelm Meister échangent des mots doux, au grand dam de Mignon (« Plus de soucis, Mignon »).

Dévoué à Philine, Whilhelm Meister décide de se séparer de Mignon (« Adieu, Mignon ! courage ! »). Restée seule, cette dernière est rongée par la jalousie (« Elle est là, près de lui ! »). Elle s’approche du lac du château, pensant à la mort, quand elle entend la voix de Lothario qui la réconforte. Mais entendant la clameur des applaudissements récoltés par Philine, Mignon émet dans sa colère le souhait que le château soit réduit en cendres (« Qui donc est là ? »).

De son côté, Philine triomphe dans son interprétation du Songe d’une nuit d’été (« Je suis Titania la blonde »). Alors que Lothario a mis le feu au théâtre pour exaucer le vœu de Mignon, cette dernière s’y précipite en réponse à une bravade de Philine. Mais Wilhelm Meister plonge à sa suite dans les flammes et sauve la jeune femme (« Dieu ! Philine, mes amis ! »).

Acte III

Wilhelm Meister et Lothario ont emmené Mignon dans un domaine abandonné, en Italie, afin qu’elle reprenne des forces. Wilhelm Meister, touché par le candide amour que la jeune femme lui porte, s’est attaché à elle (« Elle ne croyait pas dans sa candeur naïve »). Lorsque cette dernière se réveille, elle se sent revivre, les lieux lui rappelant son enfance. Wilhelm Meister lui avoue son amour (« Je suis heureuse, l'air m'enivre »). Mais, lorsque la voix de Philine résonne au loin, Mignon se ferme et fuit le jeune homme (« Je suis Titania la blonde »). Lothario apparaît alors et révèle être le propriétaire des lieux, qu’il a quittés voici 15 ans. Il confie à Mignon une boite dans laquelle sont renfermés des reliques de sa fille Sperata. A leur vue, les souvenirs reviennent à l’esprit de Mignon : Lothario reconnaît enfin sa fille en elle. Elle s’effondre alors, brisée par l’émotion (« Mignon, Wilhelm, salut à vous ! »).