La ville de Strasbourg possède une longue tradition lyrique, sans doute grâce à sa position privilégiée, à la croisée entre le monde francophone et le monde germanique. Ainsi, la première représentation d’opéra à Strasbourg date de 1700, peu après l’annexion de Strasbourg à la France. Un an plus tard, en 1701, une grange est aménagée en « Opernhaus ». Cette salle, quoique inadéquate, connaît une activité assez régulière jusqu’à un incendie survenant en 1800.

Une nouvelle salle est construite par la suite, les travaux s’étendant de 1804 à 1821. La salle de ce théâtre à l’italienne, de style néoclassique, se démarque par son utilisation du grès des Vosges, avec sa couleur rosée si caractéristique. L’Opéra de Strasbourg est au cœur de la vie strasbourgeoise, puisqu’il est mobilisé pour influer dans les luttes d’influence culturelles. Ainsi, les pouvoirs publics obligent l’Opéra à produire uniquement des spectacles en langue française. En 1870, l’Opéra est partiellement détruit par le bombardement de la ville par les prussiens. Après sa reconstitution à l’identique, achevée dès 1873, les nouveaux pouvoirs publics s’assurent que l’Opéra promeuve le répertoire en allemand afin d’asseoir leur conquête. La tendance continue quand la France reprend l’Alsace après la Première Guerre Mondiale, puis pendant l’Occupation.

La période de l’après-guerre voit une dégradation progressive de l’activité lyrique en Alsace. Si l’Opéra de Strasbourg parvient malgré tout à tirer son épingle du jeu, les scènes de Mulhouse et de Colmar sont en revanche en pleine déperdition. Pour faire face à la tourmente financière, les trois maisons décident de fusionner. Ainsi, en 1972, l’Opéra de Strasbourg fusionne avec les ensembles lyriques de Mulhouse et de Colmar pour former l’Opéra du Rhin. Chaque ville devient un pôle distinct. Le siège et l’opéra sont situés à Strasbourg, la plus grande des trois scènes, tandis que le ballet est basé à Mulhouse. Colmar, la plus petite des trois salles, accueille un opéra studio, ce qui permet de mieux intégrer les jeunes talents dans les productions.

Le pari fonctionne, puisque l’institution s’impose comme l’une des plus prestigieuses scènes de France. Ainsi l’Opéra du Rhin accueille certains des chanteurs les plus prestigieux de leur temps, comme Régine Crespin (Carmen) et José van Dam (Escamillo) dans Carmen de Bizet en 1974, ainsi que Montserrat Caballé (Turandot) et Mirella Freni (Liu) dans Turandot de Puccini en 1978. En 1993, Mulhouse se dote d’une nouvelle salle, la Filature, ce qui permet aux opéras d'être donnés à la fois à Strasbourg et à Mulhouse. L’Opéra du Rhin voit également des créations, comme celle de Prova d’Orchestra de Bastitelli en 1995 ou de Tristes Tropiques d’Aperghis en 1996.

Le succès de l’Opéra du Rhin est couronné en 1997, par l’obtention du label d’opéra national. En 2006, l'institution obtient un triomphe lors de la création mondiale de L’autre côté de Bruno Mantovani. En 2009, le belge Marc Clémeur, habitué des scènes bicéphales, puisqu’il vient de l’Opéra de Flandre, prend la direction de l’Opéra national du Rhin. Celui-ci assure une politique visant à faire de l’opéra une scène ouverte sur l’international, profitant de la proximité de Strasbourg avec l’Allemagne. Il ajoute d’ailleurs la mention d’« Opéra d’Europe » à celle d’« Opéra national ».

Il assure une programmation très riche. Il parachève une Tétralogie de Wagner entamée par son prédécesseur en 2007 dans une mise en scène de David McVicar et réalise un cycle Janacek avec Robert Carsen : Jenufa (2010), L’affaire Makropoulos (2012), Kat’a Kabanova (2012) et La petite renarde rusée (2013) et De la Maison des Morts (2013). Parmi les productions marquantes figurent Platée de Rameau avec Christophe Rousset et Marianne Clément (2009), qui tire parti du ballet de Mulhouse pour pleinement restituer l’esprit de cet opéra-ballet baroque. Autre opéra-ballet en 2012, avec Farnace de Vivaldi (Petrou/Childs). L’Opéra national du Rhin accorde d’ailleurs une part importante au répertoire français, en revalorisant des œuvres comme Hamlet d’Ambroise Thomas (2011, mise en scène de Vincent Boussard), Les huguenots de Meyerbeer (2012, dans une mise en scène d’Olivier Py), Le roi Arthus de Chausson (2014, mise en scène de Keith Warner) ou Ariane et Barbe-bleue de Dukas (2015, mise en scène d’Olivier Py). De plus, la création contemporaine est toujours mise à l’honneur, puisque chaque saison s’ouvre par une création française ou mondiale, comme la création française de Doctor Atomic de John Adams en 2014. La dernière création mondiale en date est Quai Ouest de Régis Campo (2014), adaptation d’une pièce de Koltès, avec Mireille Delunsch.