Après avoir chanté dans La Flûte enchantée de Mozart à Saint-Georges-de-Reneins le 14 juillet 2019, Eugénie Joneau fait ses débuts sur une scène lyrique le 18 octobre 2019 avec Rusalka à l'Opéra National du Rhin dont elle a rejoint le Studio et qui lui offre ensuite la Concepcion de L'Heure espagnole. Cet engagement dans la maison la mène également à incarner Gertrude (Hänsel et Gretel d'Humperdinck), trois rôles pour Mort à Venise de Britten, et Kate Pinkerton (Madame Butterfly de Puccini). Elle intègre ensuite pour la saison 2021/2022 la compagnie lyrique Opera Fuoco (dirigée par David Stern) et participe au Concert de l'association Unisson à l’Opéra Comique de Paris. 

Eugénie Joneau reçoit également de nombreux prix lors de Concours de chant : 1er prix Opéra et 1er prix Mélodie du Concours de chant de Mâcon en 2018, 1er prix Révélations du 6ème Concours Jeunes Espoirs d'Avignon en octobre 2021, prix du meilleur interprète de Zarzuela au Concours Tenor Viñas à Barcelone en janvier 2022.

En mai 2022, Eugénie Joneau incarne Karolka pour Jenůfa au Grand Théâtre de Genève, elle donnera un récital au Festival de Radio France à Montpellier cet été et a été engagée à Strasbourg pour les saisons prochaines, à commencer par La Flûte enchantée en décembre 2022 - janvier 2023.

Eugénie Joneau remporte le Prix Révélation Artiste Lyrique aux Victoires de la Musique Classique 2022. Elle décroche également trois Prix au Concours Operalia 2023 : le 2ème Prix d'Opéra féminin, le Prix féminin de la Zarzuela et le Prix Birgit Nilsson.