L'Opéra Aquitain a publié le communiqué suivant pour motiver cette décision :

« L'Opéra tire, aujourd'hui, les conclusions de la posture globale de refus de collaborer, voire de dénigrement adoptée depuis plusieurs mois par le Directeur du Ballet ».

C'est Éric Quilleré, actuel maître de ballet, qui assurera la direction artistique de la danse.

Cette décision survient dans un contexte extrêmement tendu et à la suite d'épisodes regrettables concernant le Ballet de cette institution culturelle : à la fin de l'année dernière, la direction de l'Opéra prévoyait de supprimer 13 postes de danseurs. Les membres du ballet avaient alors déposé un préavis de grève contre cette décision, qu'ils estimaient rendre impossible leur travail de troupe. L'annulation du traditionnel spectacle du 31 décembre (le ballet Coppélia) avait été évitée de peu, après des négociations et la sauvegarde des postes. Toutefois, le compromis n'a été acté que pour une seule année, l'Opéra souhaitant attendre les changements de direction artistique prévus en 2018. La CGT a déposé un recours en justice contre la précarité de l'accord négocié et des contrats.

Les événements concernant le Ballet de Bordeaux sont d'une importance capitale, aussi pour ce qui concerne le monde lyrique. En effet, les maisons d'Opéra (surtout les maisons "nationales" comme Bordeaux) se sont construites à la fois sur le chant et sur la danse. Ces interactions se sont même incarnées avec des productions associant chant et danse (notamment la remarquable production de l'opéra-ballet Dardanus de Rameau au printemps 2015, mêlant les danseurs avec des chanteurs de tout premier plan : Reinoud Van Mechelen en Dardanus, Gaëlle Arquez en Iphise, Karina Gauvin en Vénus, Florian Sempey en Anténor, Nahuel Di Pierro en Teucer et Isménor, Katherine Watson pour Un Songe, l'Amour et une Phrygienne, Etienne Bazola le Phrygien, ainsi que les Songes Virgile Ancely et Guillaume Gutiérrez). De surcroît, la nomination de Marc Minkowski à la tête de l'Opéra de Bordeaux au début de la saison dernière pouvait laisser augurer de belles productions d'opéras-ballets dans le répertoire de musique ancienne dont il est spécialiste. Enfin, le rayonnement et même le classement de l'Opéra national de Bordeaux repose sur la qualité de son ballet. Or, avant la fin de l'année, l'Opéra de Bordeaux doit en outre renégocier avec ses tutelles (notamment le Ministère de la Culture) la convention qui l'établit "Opéra national".

Marc Minkowski et Charles Jude ont depuis « dressé le constat commun de l’opportunité de construire un nouveau projet chorégraphique au sein de l’ONB, porté par des personnalités différentes. » M. Jude a « décidé de faire valoir ses droits à la retraite à la fin de la saison 2016-2017 ». Il chorégraphiera Roméo et Juliette en juillet prochain, avant « une grande soirée en hommage au chorégraphe » et son départ.