Argument
Acte I
Dans le palais du Comte de Stankar, Jorg, le vieux pasteur, invite l’assemblée à écouter le jeune pasteur Stiffelio, beau-fils de Stankar, qui rentre tout juste de voyage (« Segui, Stiffelio »). Ce dernier raconte qu’un batelier lui a transmis les papiers perdus par un séducteur s’étant jeté dans les flots afin de n’être pas découvert avec sa maîtresse. Il brûle toutefois les documents, pardonnant à la fois le crime et son auteur dont l’anonymat est ainsi préservé. Sa femme, Lina, et le jeune Raffaele, son amant, respirent : leur liaison n’est ainsi pas découverte. Mais Stankar (le père de Lina), qui a des soupçons, se promet de veiller à l’honneur de sa famille (« Tra voi son io... mia, sposa, amici »). Des villageois acclament Stiffelio et rendent hommage à sa probité et à son sens de la justice (« Viva Stiffelio ! Viva ! »). Mais Stiffelio s’étonne du mutisme de sa femme, Lina. Cette dernière lui explique regretter le temps, avant qu’il ne devienne pasteur, où il se faisait appeler Rodolfo Müller. Stiffelio lui raconte son voyage, où il a rencontré le vice et pleuré son éloignement. Au cours de la discussion, Stiffelio découvre que sa femme ne porte plus son alliance et comprend aussitôt qu’il a été trahi. Leur dispute est toutefois interrompue par Stankar qui vient s’enquérir du pasteur, les villageois attendant sa venue (« Non ha per me un accento ! »). Envahie par l’angoisse et le remord, Lina décide d’écrire à son mari afin de lui révéler son infidélité (« Tosto ei disse ! Ah son perduta ! »). Mais son père, refusant de voir sa famille déshonorée et craignant que cette révélation ne coûte la vie de Stiffelio, la somme de garder on secret (« Verrà... dovrò risponder ! »). Lina finit par se laisser convaincre (« Or meco venite »).
De son côté, Raffaele constate que Lina l’évite. Décidé à la voir, il lui glisse une lettre dans son exemplaire de la Bible, sans se rendre compte de la présence du pasteur Jorg qui l’observe. Dans la salle de réception, les villageois attendent Stiffelio, se réjouissant toujours de son retour. Jorg avertit Stiffelio qu’un homme a caché un billet dans le Livre de Lina (« Plaudiam ! Di Stiffelio s'allegri il soggiorno »). Stiffelio annonce alors que son prochain prêche portera sur la trahison de Juda et demande à Lina de lui tendre sa Bible (« Non solo all'iniquo »). L’angoisse gagne l’ensemble des protagonistes qui comprennent qu’un scandale est sur le point d’éclater (« Oh qual m'invade ed agita »). Avant que Stiffelio n’ait pu lire la lettre, Stankar s’en empare et la détruit, provoquant la fureur du pasteur. Tandis que Lina tente de calmer son mari, Stankar provoque secrètement Raffaele en duel pour avoir semé le déshonneur dans sa famille (« Chi ti salva, o sciagurato »).
Acte II
Dans un cimetière, Lina se recueille sur la tombe de sa mère, rongée d’angoisse et de remord (« Oh cielo ! dove son io ! »). Raffaele vient alors à sa rencontre. Il lui apprend que Stiffelio soupçonne Federico, qui est en fait l’amant de la cousine de Lina, Dorotea. Lina cherche à repousser le jeune homme, lui demandant de lui rendre sa bague et ses lettres, mais Raffaele refuse (« Perder dunque voi volete »). Stankar les surprend alors et somme Raffaele d’accepter le duel demandé (« Scegli... ! Un duello ? Sì, mortale... »). Mais, au bruit des armes paraît Stiffelio qui s’interpose. Peu à peu, le pasteur comprend cependant la raison du duel et la trahison dont il est lui-même victime (« Ah ! Era vero ? »). Il reprend alors l’arme de Stankar pour défier Raffaele. Mais cette fois, c’est Jorg qui s’interpose (« Non punirmi, Signor, nel tuo furore »).
Acte III
Dans son château, Stankar intercepte une missive par laquelle Raffaele, qui s’est enfui, demande à Lina de le rejoindre. Déshonoré, il pense à se donner la mort (« Ei fugge ! e con tal foglio »). Mais il se ravise lorsqu’il apprend que Raffaele a été localisé, bien décidé à en obtenir vengeance (« Oh gioia inesprimibile »).
Stiffelio fait venir Raffaele et lui demande de se cacher pendant que lui-même interrogera Lina. Cette dernière paraît : Stiffelio lui offre un divorce lui permettant d’épouser Raffaele sans déshonneur. Se confessant au pasteur plutôt qu’à son mari, Lina accepte le divorce, mais pour éviter le déshonneur à ce dernier : elle, toujours amoureuse de Stiffelio et ne devant son infidélité qu’à la traîtrise de Raffaele, n’aspire plus qu’à la mort. Entendant cette explication, Stiffelio se rue vers Raffaele, caché. Mais ce dernier a déjà été tué par Stankar (« Opposto è il calle che in avvenire »). Jorg invite Stiffelio a aller se recueillir au temple, ce que ce dernier accepte (« Ah sì, voliamo al tempio »).
Au temple, Stankar et Lina sont en prière (« Non punirmi, signor, nel tuo furore »). Stiffelio paraît, ouvre l’Evangile, et lit le verset dédié à la femme adultère. Comme sa foi le lui prescrit, il pardonne à Lina (« Stiffelio ? Eccomi. Udirlo ancor potrò ! »).